Das Innere mach sehr schnell und gut erkennbar, dass die Kirche – obwohl sie eine Renaissance-Kirche ist – eigentlich im gotischen Stil gebaut wurde: Spitzbögen und Kreuzrippengewölbe, wobei die Seitenschiffe durch Rundbögen vom Hauptschiff getrennt sind. Es wird einem sofort bewusst, dass die Kirche viel größer ist, als es von außen wirkt. Selbst das Mittelschiff hat eine Länge von 100 Meter
(Die Sagrada Família hat nur eine Länge von etwa 90 Metern und Notre-Dame de Paris doch schon 130 Meter).

Das Kreuz, das in der Mitte hängt, ist übrigens von Giotto aus dem 13. Jahrhundert.

Als Nächstes betritt man den ersten der drei Kreuzgänge, nämlich den “Chiostro dei morti” (Kreuzgang der Toten), der seinen Namen seiner Funktion als Friedhof verdankt. Sein heutiges Aussehen entstand im 14. Jahrhundert. Und obwohl viel durch den Bau des naheliegenden Hauptbahnhofs zerstört wurde, ist das, was noch da ist, atemberaubend schön: ein bemaltes Gewölbe, detailreiche Fresken und viele Grabsteinplatten.

Das ist aber nicht der einzige Kreuzgang der Kirche. Es gibt noch den “grünen” Kreuzgang und den “großen” Kreuzgang, die beide vor allem wegen der Fresken sehenswert sind. An den Wänden des großen Kreuzganges sind Geschichten des Heiligen Dominikus verewigt, schließlich ist die Kirche Santa Maria Novella auch eine Kirche der Dominikaner. Von Grünen Kreuzgang geht es in die “Spanische Kapelle”, in welcher die Fresken von Andrea da Bonaiuto (1368) an den Wänden bewundert werden können: “Streitende, leidende und triumphierende Kirche”.